层析柱是凝胶层析技术中的主体，一般用玻璃管或有机玻璃管。层析柱的直径大小不影响分离度，样品用量大，可加大柱的直径，一般制备用凝胶柱，直径大于2厘米，但在加样时应将样品均匀分布于凝胶柱床面上。此外，直径加大，洗脱液体体积增大，样品稀释度大。分离度取决于柱高，为分离不同组分，凝胶柱床必须有适宜的高度，分离度与柱高的平方根相关，但由于软凝胶柱过高挤压变形阻塞，一般不超过1米。分族分离时用短柱，一般凝胶柱长20-30厘米，柱高与直径的比较5:1─10:1，凝胶床体积为样品溶液体积的4-10倍。 分级分离时柱高与直径之线为20:1─100:1，常用凝胶柱有50×25厘米，10×25厘米。滤板下的死体积应尽可能的小，如果支掌滤板下的死体积大，被分离组分之间重新混合的可能性就大，其结果是影响洗脱峰形，出现拖尾出象，降低分辩力。在分离时，死体积不能超过总床体积的1/1000。
凝胶是一类多孔性高分子聚合物，每个颗粒---一个筛子。当样品溶液通过凝胶柱时，相对分子较大的物质由于直径大于凝胶网孔而只能沿着凝胶颗粒间的空隙，树脂柱供应，随着溶剂流动，因此流程较短，向前移动速度快而首先流出层析柱；反之，相对分子较小的物质由于直径小于凝胶网孔，可自由地进出凝胶颗粒的网孔，在向下移动过程中，它们从凝胶内扩散到胶粒孔隙后再进入另一凝胶颗粒，如此不断地进入与逸出，树脂柱生产商，使流量增长，移动速率慢而后流出层析柱。而中等大小的分子，它们也能在凝胶颗粒内外分布，部分进入颗粒，从而在大分子物质与小分子物质之间被洗脱。这样，树脂柱规格，经过层析柱，使混合物中的各物质按其分s子大小不同而被分离。
交换
将试液加到交换柱上，用活塞控制一定的流速进行交换。
洗脱
当交换完毕之后，一般用蒸馏水洗去残存溶液，然后用适当的洗脱液进行洗脱。在洗脱过程中、上层被交换的离子先被洗脱下来，树脂柱，经过下层未被交换的树脂时，又可以再度被交换。
阳离子交换树脂常采用hcl溶液作为洗脱液；阴离子交换树脂常采用nacl或naoh溶液作为洗脱液。洗脱之后的树脂已得到再生，用蒸馏水洗涤干净即可再次使用。
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